PHPのバージョン5.2.12から、一つのフォームで送信できるファイルの数がデフォルトで20個に制限されるようになりました。（実際にアップロードするファイル数ではなく、<input type="file" />の数の制限です。）

この制限数は、php.iniに設定できます。
例)
max_file_uploads = 100

開発環境では、現象が出なかったのですが、さくらのレンタルサーバーで、本現象が出て、なかなか原因がわかりませんでした。

知っていれば何でもない事なんですが、、、